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工业与应用

基因科技提升产业竞争力

菌种(单菌)鉴定



简介

微生物种属鉴定在食品发酵、生物制药、环境监测和农业畜牧等多个领域中扮演着重要角色。菌种鉴定的常规手段包括形态学观察、生理生化特性鉴定和分子生物学鉴定等,而通过分子生物学的方法进行菌种鉴定更为直接和可靠。核糖体RNA(rRNA)是生物细胞中主要的核糖核酸之一,在细菌/真菌/真核微生物的16S/ITS/18S rDNA中有多个保守性的区段,同时也具有高度变化特异性区域,根据保守区可以设计出通用引物,用于扩增出细菌/真菌/真核微生物的16S/ITS/18S rDNA片段。后经过测序,对高度变化的特异区域进行分析比对,就可实现菌种鉴定的目的。除此之外,还可基于高通量测序平台对微生物基因组进行鉴定,通过测序、组装、功能注释和结构比较等工作,在微生物全基因组层面上对单核苷酸多态性(SNPs)、插入缺失(InDel)、结构变异(SV)等一系列变异信息的分析,在完成菌种鉴定的同时,深入解析其性状特征和差异。


服务项目

菌种(单菌)鉴定-服务项目-阅微基因


服务优势

· 依托中科院微生物所平台,在菌种鉴定上拥有丰富的经验。
· 结果准确可靠:严格控制交叉污染,测序信号准确可靠。

· 合作客户众多,涵盖食品发酵、生物制药、环境监测和农业畜牧等多个领域。


提供结果

菌种16S/18S/ITS鉴定结果

扩增子Sanger测序序列结果

扩增子Sanger测序序列结果



NCBI数据库比对结果

NCBI数据库比对结果


使用Ezbiocloud评估16S rDNA序列相似度

使用Ezbiocloud评估16S rDNA序列相似度


菌种基因组重测序结果

基因组注释统计

基因组注释统计


菌种(单菌)鉴定-提供结果-基因组环状注释图

基因组环状注释图


COG功能注释图


COG功能注释图


请点击页面阅读详细内容:微生物基因组重测序

送样要求

菌种(单菌)鉴定-送样要求

合作案例

某大分子新药研发企业的QC部门委托进行一株菌种的鉴定。根据客户需求,对此细菌进行16S rDNA全长一步扩增后进行Sanger测序,得到的序列得结果进行比对。


菌种样本与Sanger测序峰图

菌种样本与Sanger测序峰图
Ezbiocloud评估16S rDNA序列相似度前10结果
Ezbiocloud评估16S rDNA序列相似度前10结果

在比对NCBI数据库,并用Ezbiocloud评估16S rDNA序列相似度后得出结论:该菌株属于杆菌纲(Bacilli),第三节类芽胞杆菌科(Paenibacillaceae),短芽孢杆菌属(Brevibacillus) 。根据16S rDNA基因序列比对最贴近的结果显示,该菌在种级别上属于Brevibacillus agri。

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