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专家采访

总影响因子破1000!阅微基因2020Q3客户发表文章速递(附亮点文章速读)

【2020-11-06】

        阅微基因三季度新增客户发表15篇(包含2篇预印刊),其中IF 5分以上文章3篇,总影响因子50分,平均影响因子4.17分;近5年(2016-2020Q3)累计发表近250篇,平均影响因子达4.17分,总影响因子已经华丽丽超1000分啦!

        以阅微基因的三大服务领域区分,科研服务文章最多(13篇),覆盖细胞鉴定与个体识别、肿瘤领域(机制、分子标记、免疫治疗、疾病发展及肠道菌互作)、疾病易感基因、动物资源(微卫星标记、种群研究)、植物性状定位、农业病虫害防治等;法医领域1篇,探究亲子样本Y-SNP的突变情况;临床领域1篇,探讨低位阑尾粘液性肿瘤及癌前锯齿状病变的分子病理特征。


阅微基因2020三季度客户应用发表文章一览



 亮点速递 

 本季最高——还是要第一个出场的 

Aquaporin 1 promotes sensitivity of anthracycline chemotherapy in breast cancer by inhibiting β-catenin degradation to enhance TopoIIα activity

产品:细胞鉴定

期刊:CELL DEATH DIFFER,IF=10.717

作者:天津医科大学肿瘤医院 马勇杰、谷峰团队


        蒽环类药物表柔比星(EPI)是乳腺癌联合化疗一线方案CEF(CTX, EPI, 5-FU)治疗用药,但该方案仅能降低约20%~30% 整体死亡率,且目前没有用于预测其疗效的生物标记。研究团队从341例乳腺浸润性导管癌(IDC)患者中分析报告了AQP1高表达患者接受CEF相比于未接受CEF治疗及接受CMF方案治疗两组患者,其无进展生存期(PFS)均显著提升(p分别为0.001和0.038)。而AQP1低表达患者接受CEF治疗反而降低生存率及PFS。通过细胞及动物实验,发现其机制为AQP1能抑制 β-catenin 的降解,促其进核与 TopoIIα 互作,提高了细胞对药物的敏感性。同时,发现miR-320a-3p负调控AQP1表达。因此认为 miR-320a-3p(低表达)及AQP1(高表达)可能作为乳腺癌患者接受CEF化疗方案的预测因子。研究中使用的MDA-MB-231、HEK-293T、T47D和MCF7细胞均在阅微基因进行细胞STR鉴定工作。



AQP1高表达患者接受CEF化疗方案后临床表现优于non-CEF及 CMF组(e图上,g),但低表达患者的临床表现反而差于non-CEF组(e图下)。



要你病,要你死——肠道坏菌满满的恶意

Enterotoxigenic Bacteroides fragilis induces the stemness in colorectal cancer via upregulating histone demethylase JMJD2B

产品:细胞鉴定

期刊:GUT MICROBES,IF=7.74

作者:上海交通大学医学院附属仁济医院 房静远团队


        肠道菌群影响着宿主的疾病进程及药物治疗反应。在结直肠癌患者中,已知产肠毒素脆弱类杆菌(ETBF)的富集会导致较差的预后。研究团队首次发现其中原因和该菌会增强肿瘤干细胞的干性(Stemness)有关。通过裸鼠异种移植、结直肠诱导小鼠模型及体外细胞实验三种方法,都验证了ETBF处理组的肿瘤增生进展更快。在机制上,ETBF是通过TLR4信号传导调控JMJD2B基因高表达,降低核心干性转录因子NANOG组蛋白H3K9三甲基化为二甲基化,进而活化NANOG和SOX2,增强肿瘤干细胞干性并形成促癌的结果。在临床结直肠癌患者中也观察到ETBF菌丰度和患者TNM分期晚及NFAT5, JMJD2B, NANOG等基因表达呈现正相关。本研究中所示用的结直肠癌干细胞系HCT116和DLD1在阅微基因进行细胞鉴定。


小百科:脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)是大量存在于人和动物肠道的一种革兰阴性无芽孢专性厌氧菌,为肠道正常菌群成员之一。但其中某些菌株可以产生肠毒素从而导致腹泻,又称为产肠毒素脆弱类杆菌(ETBF)。在腹泻患者中ETBF的分离率被报道可达26.8%,ETBF已知为促癌细菌,在家族性息肉及结直肠癌病人肠道中都有发现,能促进结肠上皮细胞增殖及癌变。


肠道坏菌ETBF调控结直肠癌肿瘤干细胞干性促癌发展的机制


建模盖大楼——或许这类患者未来可期

Biological Characterization and Therapeutics for Subscalp Recurrent in Intracranial Glioblastoma

产品:Microreader™ 21 ID System

期刊:ONCOTARGETS THER,IF= 3.337

作者:首都医科大学附属北京天坛医院 刘福生团队


        多形性胶质母细胞瘤是预后差、生存期短且手术切除后往往还需搭配后续放化疗的一类恶性肿瘤。其中有0.4%~2%的病人会发生罕见的颅外转移复发,其预后更差且缺乏有效治疗方案。本研究报道了从一例颅外皮下复发脑胶质瘤患者肿瘤组织建立的裸鼠PDX模型,并初步评估了溶瘤病毒oHSV-1治疗有效性,可为该类患者临床前模型提供治疗方案评估参考。同时,由于复发性胶质母细胞瘤细胞系很少,团队对该模型的肿瘤细胞体外传代后建系并进行了多项生物学表型及特性分析,包含HE染色、免疫组化、CCK-8 assay、核型、STR及流式分析等,将该细胞命名为BT-01。BT-01具胶质母细胞肿瘤干细胞样,耐受化疗药物替莫唑胺,和现有常用脑胶质瘤细胞系U-87 MG和U251 MG相比,BT-01侵略性及迁移能力更高。本研究中的细胞STR分型使用了阅微基因Microreader™ 21 ID System试剂盒。


脑胶质瘤PDX模型小鼠接受oHSV-1溶瘤病毒治疗后肿瘤显著缩小



9!16!21!——在这方面恐怕数字越大越好

Advantages of a 21-loci short tandem repeat method for detection of cross-contamination in human cell lines

产品:Microreader™ 21 ID System

期刊:GENE,IF= 2.984

作者:武汉大学生命科学院 沈超团队


        自2011年ATCC制定细胞鉴定标准以来,9基因座STR分型一直沿用至今。然而STR多重扩增试剂盒早已扩展到21基因座以上。随着细胞系数量的扩张并考虑癌细胞系的遗传易变性如微卫星不稳定、杂合性缺失、非整倍性等问题,9基因座方法有其局限。武汉大学生科院暨中国典型培养物保藏中心沈超团队在同样的鉴定准则上对比了9基因座和21基因座方法对197株人源细胞系的鉴别力。结论显示,21基因座鉴定能解决97.5%在9基因座鉴定中结论不明确的问题(从8.65%降低至0.22%)并有效降低假阳性,提高细胞系鉴定的准确性。本研究中使用阅微基因 Microreader™ 21 ID System 试剂盒进行STR分型分析。


相似度高的不同细胞株用9基因座方法可能被错误认定为同源,但21基因座能明确区分



        上面说了几篇都是和细胞鉴定相关的工作,接下来这一篇也是,但不是身份鉴定,而是能力鉴定。


这个杀手不太冷——寻找挑好NK的方法

The potential markers of NK-92 associated to cytotoxicity against K562 cells

产品:转录组测序

期刊:BIOLOGICALS,IF= 1.801

作者:中国食品药品检定研究院 孟淑芳团队


        自然杀伤细胞(NK)是一种具有细胞毒性且非MHC依赖的淋巴细胞,通过对靶细胞表面活化和抑制性受体的交叉识别,迅速响应病毒感染或肿瘤形成细胞释放穿孔素和颗粒酶使之裂解。相比于T细胞,NK更不易引发免疫风暴且异体NK不引起抗宿主反应,是日益重要的抗肿瘤免疫疗法。异体NK的来源之一是NK-92细胞株,其安全性和效力已在多项临床试验中被证实。准确、及时和易行的细胞免疫能力检测是NK免疫治疗产品的重要评估项目。孟主任团队希望找到一与细胞毒性高度相关的可靠生物标记作为评价产品效力的方法。团队对与K562细胞共培养活化NK细胞进行已知细胞毒性相关基因定量及转录组研究,寻找候选指标。结果认为IFN-γ是一潜在理想的检测标的,符合与毒杀能力相关、易检测且表达量和细胞活性呈正相关(相关系数0.9678)三个指标。



IFN-γ表达量(ELISA)与毒杀能力(BATDA法)高度正相关



        又到了阅微物种日历时光,每一期总会有一些相关发表带我们从分子基因角度认识这美好世界的成员。在秋季,选择菊花研究作课代表,本季度参演的物种还有黄尾鲴鱼、斑点叉尾鮰及香蕉害虫褐足角胸叶甲,喜欢动植物的朋友们可以联系阅微基因了解详情哦。



此中有真意——欲辩靠SSR

Linkage Map Development by EST-SSR Markers and QTL Analysis for Inflorescence and Leaf Traits in Chrysanthemum (Chrysanthemum morifolium Ramat.)

产品:微卫星SSR

期刊:PLANTS-BASEL,IF= 2.762

作者:北京林业大学园林学院 张启翔、高亦珂团队


        菊兼备医用、工业和观赏价值,其花序和叶片性状是影响菊花产量和品质的关键因素。但由于其巨大、六倍体且高杂合的基因组特征,针对性状的遗传改良进展缓慢。先前的菊花基因组图谱构建多使用显性遗传标记,不仅在种群间难以重现,且近年依赖的SNP标记在多倍体物种中也并不容易标记单倍型或性状。相对的,EST-SSR的等位多态性使其在多倍体物种中具备重要的应用价值。团队通过223个多态性良好的EST-SSRs分析由两种园艺亲本人工交叉授粉获得的192个F1个体,最终在9个连锁群中定位出264个多态性基因座,覆盖遗传距离954.46 cM,标记间平均距离为3.62 cM。数量性状定位(QTL)分析12种性状包含花序直径、花盘直径、舌状花轮数、舌状花数、盘花数、小花数、舌状花长/宽、叶片长/宽等性状,最终挑选出36个(21个主要)QTLs成功定位。本研究首次在菊花中基于EST-SSR建立了基因组图谱,为实施分子辅助选择工作提供了宝贵的信息。本研究中的SSR分型工作在阅微基因完成。


小百科:我国是首个完成菊花基因组测序工作的国家,对江苏南京野菊花品种的全基因组测序成果于2017年由中医科学院中药研究所与安利植物研发中心联合发布,利用nanopore 纳米孔测序结合NGS技术攻破了菊花高杂合、高重复基因组组装的难题,组装出约3Gb基因组总长,鉴定出了101745个编码蛋白基因。不过,园艺菊花的基因组及倍型尚不清晰。




        以上是本季度节选出来具有代表性的客户应用文章。我们再次看到阅微基因的工作帮助了各领域研究进展,展现了极强的应用价值及转化潜力。重要的是,如果您也想和这样的阅微基因合作,请关注公众号直接与客服联系。再次衷心感谢广大客户老师们的支持,我们近期会联系以上课题组送上精美礼品一份以致祝贺。咱们下期再见。


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