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NIST:首个基因组测序参考标准发布

【2014-03-06】

2013年12月,FDA批准了首个高通量DNA测序仪,这种仪器可以帮助人们快速有效的测序人类DNA,用于遗传学检测、医学诊断和个性化的药物治疗。在这一审批过程中,研究者们首次使用了一组人类标准基因型的参考数据集。这些标准基因型由美国国家标准技术研究所NIST和瓶中基因组联盟(Genome in a Bottle)共同建立。

 

“NIST在两年前发起了瓶中基因组联盟,该联盟包括来自产业界、学术界和政府部门的相关人员,旨在建立参考标准帮助人们评估测序仪器、试剂和数学算法的性能,推动人类基因组测序的临床应用。”NIST的生物医学工程师Justin Zook说,“我们的目标是为人们提供一个全基因组标准,作为衡量基因组研究的一把‘尺’,帮助实验人员评估其测序流程。”

 

现代DNA测序仪将样本中的长链DNA随机打断,再逐个确定小片段中的序列。随后,生物信息学家们利用复杂的数学算法,来确定这些片断来自于基因组的哪个部分。人们可以将这些片段与“参考序列”进行比对,鉴定特定基因中发生的突变。

 

目前人们采用了好几种不同的DNA测序技术和计算机算法,来完成上述复杂的分析工作。人们发现,对于任意给定的样本,这些方法给出的结果虽然相似但并不完全相同。测序流程中的内在偏好和“盲点”,导致结果分析时出现了许多不确定性或者误差。“结果是分析同一个人类基因组的不同测序技术和算法,产生了成千上万的差异,”Zook说。

 

最近,瓶中基因组联盟发布了标准基因型的参考数据集,为人们提供了一组高度可信的单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失和纯合子参考基因型的测序检测结果。Zook及其同事在近期的Nature Biotechnology杂志上发文对此进行了描述。

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