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公开课 | 10x Genomics单细胞转录组测序全流程详解与实验设计

【2019-09-05】

为什么高水平研究如此青睐单细胞测序?

试验设计没思路?

一次给你捋清楚!

名额有限,报名从速!

已结束




公开课将更好地解决您真正关心的如下问题






讲者介绍




何  醍
英国爱丁堡大学

合成生物学和分子生物学专业


目前负责阅微基因科研服务业务,尤其在单细胞测序和微生物领域有着多年的服务经验和敏锐的科研嗅觉。同时对基因组学、表观组学、转录组学、细胞鉴定等技术均有全面深刻的理解和经验。


为什么高水平研究如此青睐单细胞测序?
       传统的高通量测序技术被广泛应用于研究不同组织/品种/处理/时间点等样本,但多是反映特定组织/细胞集合的基因表达平均水平或者代表性信息,单个细胞特异性的信息往往被掩盖,导致错失很多重要信息。

       10x Genomics Chromium系统通过每个微反应体系中含有的特定DNA标记序列(10x barcode和UMI )区分不同单细胞和转录本,可实现单细胞分辨率上的各类测序。近年来,基于10x 单细胞测序的高分文章发表数量逐年递增,且平均影响力因子超15分!真可谓是高分文章发表利器。




试验设计没思路?一次给你捋清楚!
       单细胞测序的试验是否和常规转录组的试验设计一样呢?究竟需不需要生物学重复?又需要多少生物学重复呢?相信这是很多老师心中的疑问。
       别担心,本次公开课中将会分别从细胞总量分组与样本数两条思路教您进行试验设计、核算试验成本,解答您心中的疑惑。


单细胞悬液如何制备?五步法了解一下!
       单细胞悬液的制备在整个试验过程中尤为重要,对于很多没有制备悬液经验的老师来说,往往不知道什么样的细胞悬液才能满足建库要求、如何进行试验条件优化、以及在制备细胞悬液的过程中有什么要注意的事项等。
       要想更高效地完成试验,好的方法格外重要。本次公开课中将为大家讲述阅微基因精心为您总结的组织样本单细胞解离“五步法”,不怕你没经验,只需跟着五步法走, 就一定能够找到适合自己样本的组织解离方法。 


建库成功率低?如何通过细胞质控提升建库成功率?
       对于一次上机建库来说,影响成功率的因素有很多。如样本类型、细胞悬液浓度、细胞大小、细胞活性、上机细胞量、捕获效率等等,到底该怎样进行细节控制?
       本次公开课中将会结合10x官方建议与阅微基因在实际操作中得到的经验进行讲解,让您在试验过程中确保细胞质控合格,提升建库效率与成功率。


细胞总量和文章分数是怎样的对应关系?
       细胞数量是单细胞转录组研究的核心。到底多少细胞总量才能发表一篇好文章呢?那么又具体到多少分的文章对应多少细胞量呢?

       本次公开课中将通过总结近一年来单细胞转录组测序的经典文献,为大家分析细胞总量与发表文章分数的相关关系,让您做到“心中有数”。






单细胞测序中有哪些重要的分析内容?
       单细胞转录组测序都有哪些分析?这些分析的目的是什么?已发表文章都做了哪些分析呢?
       本次公开课中将详细介绍单细胞测序中常规分析与高级分析,以及高分文章中常出现的高级个性化定制分析内容,例如特定marker在不同发育时期表达情况和marker基因与细胞群体关系等分析。




部分生物信息学高级分析内容图例


除此之外,还有更多干货

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